Bộ Khoa học và Công nghệ sau hợp nhất có 25 đơn vị, trong đó 22 tổ chức hành chính và 3 đơn vị sự nghiệp công lập.

SKĐS - Chính phủ ban hành Nghị định số 55/2025/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Khoa học và Công nghệ. Theo đó, cơ cấu, tổ chức của Bộ bao gồm 25 đơn vị.